WordPress Snippet

function my_init() {
	if (!is_admin()) {
		// comment out the next two lines to load the local copy of jQuery
		wp_deregister_script('jquery');
		wp_register_script('jquery', 'http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.4.2/jquery.min.js', false, '1.4.2');
		wp_enqueue_script('jquery');
	}
}
add_action('init', 'my_init');

http://www.ericmmartin.com/5-tips-for-using-jquery-with-wordpress/

備考
管理画面用に必要な場合

add_action( "admin_print_scripts", 'my_admin_scripts' );
 
function my_admin_scripts() {
 // wp_enqueue_script...
}

と書くことはできますが、このように書くと管理パネルのすべてのページでスクリプトのロードが発生しますので、訂正します。
テーマやプラグインを作成してオプションページを作成した場合に、そのページだけで使うスタイルやスクリプトが必要になります。

そのためには、hook_suffixを使います(WordPress3.3)

function prefix_theme_options_add_page() {

$prefix_hook_suffix= add_theme_page(__( 'Theme Options','Theme'), __( 'Theme Options' ,'Theme'),'edit_theme_options', 'prefix_setting', 'prefix_options_page_view' );
add_action('admin_print_styles-'.$prefix_hook_suffix, 'prefix_admin_print_styles');

add_action('admin_print_scripts-'.$prefix_hook_suffix, 'prefix_admin_print_scripts');

}