WordPress3.6 nav_menu_link_attributes フィルタで
wp_nav_menu()の、属性を追加したり変更したり出来るフックが追加されました
title,target,rel,href 属性の追加や変更が可能です。
Example
nav_menuのリンクを target _brank で表示する
add_filter( 'nav_menu_link_attributes','nobita_add_attribute', 10, 3 );
function nobita_add_attribute( $content,$item, $args ){
$content['target']= '_brank';
return $content;
}