functions.php
Tips
wp_enqueue_scriptの引数の、5番目の引数をtrueにすると、フッターにスクリプトが追加されます。
wp_enqueue_script( $handle ,$src ,$deps ,$ver ,$in_footer );
function my_init_method() {
wp_enqueue_script('jquery');
}
add_action('wp_enqueue_scripts', 'my_init_method');
http://codex.wordpress.org/Function_Reference/wp_enqueue_script(wp_enqueue_script)