wp_nav_menu（）から、メニューを削除する

wp_nav_menu()が表示するデフォルトのページリストから、特定のページを表示しないように設定する

functions.php

add_filter( 'wp_page_menu_args', 'my_exclude_menu' );

function my_exclude_menu( $args ){

	$args['exclude']= 表示しないページのid;

	return $args;
}

@source

他には、

wp_nav_menu( array( 'theme_location'=> 'primary' ,'fallback_cb'=> 'my_page_menu' ) );

fallback_cbで、デフォルトの、wp_page_menu()を独自関数に置き換えます。